Stutenmilch wird in speziellen Bauernhöfen, sogenannten Pferdemolkereien, hergestellt. Nach der Geburt des Fohlens bleibt die Stute zwei Monate lang beim Fohlen, um es ausreichend mit Nahrung zu versorgen. Nach dieser Zeit wird die Stute täglich für einige Stunden von ihrem Fohlen getrennt, um gemolken zu werden.
Die Produktion von Stutenmilch erfolgt schonend und tierfreundlich mit speziellen, an das Euter der Stute angepassten Milchmaschinen. Das Melken der Stute erfolgt zwei- bis fünfmal am Tag, mit Pausen von bis zu drei Stunden zwischen den Melkvorgängen. Diese Maschinen entsprechen den internationalen Hygienevorschriften, um die Milchqualität zu gewährleisten.
Nach dem Melken wird die rohe Stutenmilch schnellstmöglich auf 3° Celsius abgekühlt oder eingefroren, um ihre Frische zu bewahren. Bei Bedarf kann Frischmilch in Stutenmilchpulver umgewandelt und in Kapseln verarbeitet werden.
Je nach Rasse der Stute werden bis zu 10 Liter Stutenmilch pro Tag produziert, und etwa zwei Liter Stutenmilch werden für den menschlichen Verbrauch aufbewahrt; dies stellt sicher, dass die wachsenden Fohlen immer noch ausreichend ernährt werden.
Die Trennungszeit ermöglicht es den Fohlen, Fohlenfutter und Heu zu fressen und miteinander zu spielen, was ihre weitere Entwicklung fördert.